海に飛び込んで日花里（桜田ひより）のデータを守った希一（TAKAHIRO）は、 開けられないそのデータを警視庁の大島（姜暢雄）に解析してもらおうと科捜研を訪ねる。

そこに突然、警視副総監の福井（三波豊和）が現れ、データを強奪しようとする。

洸介（青柳翔）典明（黒木啓司）らの助けでなんとか逃げ出したが、大島は希一たちに、全員の命が危ないこと、家族も巻き込まれる危険性があることを告げる。
洸介たちは家に戻り、それぞれ大切な人と最後になるかもしれない一時を過ごす。

同じ頃、ヤクザ会長の千駄木（梅沢富美男）の命を受けた田川（塚本高史）が希一を訪ねる。
田川は『かがやきの方舟』にデータが渡れば大変なことになると話し、「データをこちらにくれたら人質を解放する」と条件を出した。
その人質とは……死んだと思われていた日花里の父・幸雄（大浦龍宇一）だった！